سرانجام پس از سال‌ها کشمکش، فاش شد که اخراج علی دایی از تیم ملی به دستور احمدی‌نژاد صورت گرفته است.
ماجرا از این قرار است که فروردین ماه ۱۳۸۸ و بعد از باخت تیم ملی فوتبال ایران مقابل عربستان در رقابت‌های انتخابی جام جهانی ۲۰۱۰ آفریقای جنوبی بود که به یکباره اعلام شد علی دایی سرمربی تیم ملی از سمت خود برکنار شده است.
این برکناری در حالی رخ داد که هنوز تیم ایران برای صعود به جام جهانی شانس داشت اما با برکناری دایی و حضور افشین قطبی، تیم ملی در نهایت از راهیابی به جام جهانی آفریقای جنوبی بازماند و ناکامی بزرگی را تجربه کرد.
دایی بارها پس از آن اتفاق اعلام کرده بود که برکناری‌اش ارتباطی با فدراسیون فوتبال ندارد و نهادهای بالاتر از فدراسیون تصمیم به اخراج او گرفته‌اند. هرچند این ادعا ابتدا توسط علی کفاشیان رئیس وقت فدراسیون فوتبال تکذیب شد اما به تدریج و با گذشت زمان، مصاحبه‌های مختلف مسئولان فدراسیون و اعضای وقت تیم ملی این واقعیت را عیان کرد.
اکنون پس از ۱۲ سال روز گذشته محمد آخوندی، سخنگوی سابق سازمان تربیت بدنی به صورت رسمی اعلام کرد که برکناری علی دایی از سرمربیگری تیم ملی ایران در فروردین ۱۳۸۸ و بعد از باخت به عربستان با دستور نهاد ریاست جمهوری و شخص احمدی‌نژاد بوده است. آخوندی در این خصوص گفت: «این تصمیم در نهاد ریاست جمهوری گرفته و اعلام شد. با من تماس گرفتند که خبر را اعلام کنم اما گفتم مسئولیتش با افراد دیگر و فدراسیون فوتبال است. ما از اعلام خبر برکناری دایی در سازمان تربیت بدنی امتناع کردیم.» سخنگوی پیشین سازمان تربیت بدنی درباره اینکه آیا شخص رئیس جمهور این تصمیم را گرفته بود؟ گفت: «چیزی که من به صورت غیررسمی می‌دانم بله ایشان این تصمیم را گرفت ولی به صورت رسمی نهاد ریاست جمهوری تصمیم‌گیری کرد! به علت فشار افکار عمومی، اطرافیان مجموعه را به این نتیجه رساندند که علی دایی نباشد.»
آخوندی همچنین درباره اینکه گفته می‌شد برکناری علی دایی به خاطر این بود که وی اجازه نداد محمود احمدی‌نژاد بین دو نیمه بازی ایران و عربستان وارد رختکن شود، اظهار کرد: «اطلاعی در این خصوص ندارم». سخنگوی پیشین سازمان تربیت بدنی گفت: «آن تغییر (برکناری دایی) اشتباه بود. اگر دایی در تیم ملی می‌ماند به جام جهانی می‌رفتیم.»
البته پیشتر یعنی در سال ۹۲، محمد علی‌آبادی رئیس وقت کمیته ملی المپیک در این باره گفته بود: «احمدی‌نژاد دربرکناری علی دایی از تیم ملی فوتبال نقش پررنگی داشت.» علی دایی هم در همان زمان در واکنش به این موضوع گفته بود: «احمدی‌نژاد من را از تیم ملی برکنار کرد و حالا بعد از چند سال، گذشت زمان همه چیز را نشان داد. البته شاید قسمت و صلاح من این بوده و خدا می‌خواسته که از تیم ملی بیرون بیایم. حالا معلوم می‌شود که چه کسی در تلویزیون حرف راست زد و چه کسانی به مردم دروغ گفتند. تمام برنامه‌های زنده موجود است که علی دایی حقایق را اعلام کرد اما همان زمان آنقدر خرده گرفتند و فدراسیون جلسه تشکیل داد اما در نهایت مشخص شد که همه این کارها «کشک» بوده است. »
